Bonino se desempeñaba en la Secretaría de Prensa de la organización sindical Unión de Trabajadores de Prensa de Buenos Aires (UTPBA) recabando información y difundiendo comunicados de la entidad sobre amenazas y agresiones contra periodistas. En esa época, el gremio registraba un pico de ataques e intimidaciones y la reacción de entidades periodísticas y de derechos humanos impulsó campañas de lucha en reclamo de garantías. Al momento de su muerte, Bonino tenía 37 años, estaba casado con Felicia Urbano y era padre de un niño de 8 años.

El profesional fue visto con vida por última vez el 11 de noviembre de 1993 cuando salió de su casa rumbo a un seminario a realizarse cerca del centro de la ciudad, y su cuerpo fue hallado el 15 de noviembre en aguas del Riachuelo, un arroyo en el límite de la ciudad de Buenos Aires. Horas antes de su aparición, una oficina de la UTPBA había sido atacada por desconocidos y miembros de la entidad habían sido amenazados telefónicamente.

En primera instancia, el Gobierno Nacional encabezado por el presidente Carlos Saúl Menem consideró el hecho como un suicidio, pero horas más tarde los peritos forenses que analizaron el cuerpo rechazaron de plano esa hipótesis. Sin embargo, luego de 10 años la investigación no ha arrojado resultados concretos y la causa fue cerrada en dos oportunidades.

En abril de 2001 la UTPBA pidió al Juzgado de Instrucción 10 de la Ciudad de Buenos Aires, a cargo de Raúl Irigoyen, la reapertura del expediente luego de que un suboficial de la Policía Bonaerense de apellido Montenegro afirmara en un programa de televisión que "los responsables de la muerte son gente del comisario mayor Rodríguez" y que los autores materiales de la muerte son el "Lagarto Vargas y al suboficial mayor Carmona". Según el gremio, el juzgado se limitó a interrogar a los periodistas del programa y a requerir una copia de la emisión.

Más de un año después, el diario Clarín de Buenos Aires publicó nuevas declaraciones de Montenegro, y el 9 de agosto de 2002 la UTPBA realizó una presentación para impulsar la causa. Pero no hubo avances y fue nuevamente clausurada.

El 13 de noviembre de 2003, a dos días del 10° aniversario del crimen, el gremio se reunió con el secretario de Derechos Humanos de la Nación, Eduardo Luis Duhalde, y logró de su parte el compromiso de solicitar una nueva reapertura de la investigación. La UTPBA informó que este compromiso incluye el pedido para que se cite a declarar a Montenegro, "que tuvo expresiones públicas relacionadas al conocimiento de los supuestos autores del crimen de Bonino".