El juzgado V de distrito del Poder Judicial Federal (PJF) revocó el 20 de enero de 2009 el auto de formal prisión dictado por un juez del estado de Oaxaca (sureste) a Juan Manuel Martínez Moreno, acusado de ser el autor material del asesinato del periodista estadounidense Bradley Roland Will.

Asimismo, el juzgado ordenó la reposición de su proceso penal, aunque Martínez Moreno, integrante de la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca (APPO), seguirá detenido en la penitenciaría central de Santa María Ixcotel, Oaxaca.

Martínez Moreno es señalado como responsable del homicidio en el municipio de Santa Lucía del Camino, Oaxaca. En una conferencia de prensa, la coordinadora en Oaxaca del Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez, Melina Hernández, mencionó que el PJF "consideró el cúmulo de irregularidades en el procedimiento por el delito de homicidio", por lo tanto, desestimó el auto de formal prisión contra Martínez Moreno.

El 27 de octubre de 2006, Will daba cobertura periodística al desarrollo de una marcha en el marco de las protestas de la APPO contra el gobierno local, que se dirigía hacia la cabecera del municipio de Santa Lucía del Camino. La manifestación derivó la violencia entre grupos antagónicos en la que se utilizaron armas de fuego. Hubo heridos y muertos, entre ellos Brad Hill, el profesor Emilio Alonso Fabián, el comunero Esteban López Zurita y Eudasia Olivera Díaz.

Las primeras líneas de investigación del asesinato del camarógrafo, de la agencia de medios independientes Indymedia, indicaban que el responsable era Abel Santiago Zárate, regidor del municipio de Santa Lucia del Camino, así como Oswaldo Manuel Aguilar Coello quien fungía como policía municipal.

La Procuraduría General de Justicia del estado de Oaxaca inició en su contra la averiguación previa número: 1247/C.R./2006. El 2 de noviembre del 2006, Santiago Zárate y Aguilar Coello fueron detenidos y consignados.

El Juez Mixto de Primera Instancia del distrito de Etla, Oaxaca, dictó auto de formal prisión en su contra. El 28 de noviembre de 2006 ambos quedaron en libertad luego que el juez que estudiaba el caso resolvió el incidente de libertad por desvanecimiento de datos.

Posteriormente, la Procuraduría General de la República (PGR), encargada de investigar los hechos, integró la averiguación: PGR/OAX/OAX/ FP/08/2006.
Lejos de investigar a fondo, la PGR hizo suya la hipótesis, difundida el 15 de noviembre de 2006 de que "Bradley Roland Will fue asesinado por miembros de la APPO".

Continuando con esta línea de investigación, el 13 de octubre de 2008 la PGR aplicó acto de formal prisión en contra de Martínez Moreno, por considerarlo el presunto responsable del homicidio. Martínez Moreno enfrenta su proceso privado de su libertad ya que el 22 de octubre el Juez Cuarto así lo ordenó, sin considerar los señalamientos que la Comisión Nacional de los Derechos Humanos vertió en su recomendación 50/2008 sobre el asesinato del periodista estadounidense, así como tampoco se ha tomado en cuenta el peritaje independiente realizado por el Programa Internacional Forense de Médicos por los Derechos Humanos, realizado por expertos internacionales en criminalística.